今回は、株式等保有法人の株式等の時価評価（通算加入）を確認します。時価評価をしない法人であっても、通算グループ内の株式等の含み損益は時価評価をする必要があります。
株式等保有法人の株式等の時価評価、通算加入の場合（法法64条の12②）
１項の子法人等（注１）について通算承認効力発生日においてその子法人等の株式等を有する内国法人（株式保有等法人）のその株式等（注２）の評価益又は評価損は、その前日の属するその株式等保有法人の益金の額又は損金の額に算入します。
注１、通算親法人との間にその通算親法人による完全支配関係が継続することが見込まれている場合として政令で定める場合に該当するもの及び損益通算（法法64条の5）の適用を受けない法人として政令で定める法人（初年度離脱加入子法人）を除きます。
注２、通算承認効力発生日の前日の属するその株式等保有法人の事業年度において、１項の適用がある場合には、１項の時価評価資産に該当するものを除く。
（２重の時価評価を防止。）
政令で定める場合とは、通算加入の完全支配関係継続要件と同じです。
３ 法第六十四条の十二第一項第三号及び第四号に規定する完全支配関係が継続することが見込まれている場合として政令で定める場合は、通算親法人との間に当該通算親法人による完全支配関係を有することとなつた法人について法第六十四条の九第一項の規定による承認（以下この項において「通算承認」という。）の効力が生じた後に当該法人と当該通算親法人との間に当該通算親法人による完全支配関係が継続すること（当該通算承認の効力が生じた後に当該法人を被合併法人とする適格合併（当該通算親法人又は他の通算法人で当該通算親法人による通算完全支配関係が継続することが見込まれているものを合併法人とするものに限る。）を行うことが見込まれている場合には、当該通算承認の効力が生じた時から当該適格合併の直前の時まで当該完全支配関係が継続すること。）が見込まれている場合とする。
法人税法施行令131条の16、通算制度への加入に伴う資産の時価評価損益
５ 第三項の規定は、法第六十四条の十二第二項に規定する政令で定める場合について準用する。
法人税法施行令131条の16、通算制度への加入に伴う資産の時価評価損益
政令で定める法人（時価評価しない法人）
６ 法第六十四条の十二第二項に規定する政令で定める法人は、初年度離脱加入子法人とする。
法人税法施行令131条の16
初年度離脱加入子法人
親法人との間に完全支配関係を有することとなった子法人等（法法64条の9②）でその親法人による完全支配関係を有することとなった日（注１）の属するその親法人の事業年度終了日までにその完全支配関係を有しなくなるもの（注２）
注１、事業年度の特例（法法14条⑧1号）の適用を受ける場合には、8項に規定する加入日の前日の属する1号に規定する特例決算期間の末日の翌日。以下この号において「関係発生日」といいます。
※ 事業年度の特例は、特例決算期間（月次決算期間又は会計期間）を選択できる制度です。
注２、その関係発生日以後２月以内に通算制度の取りやめ等（法法64条の10⑥5号又は6号）に掲げる事実が生ずることによりその完全支配関係を有しなくなるものに限るものとし、その親法人若しくはその親法人との間に完全支配関係がある子法人等（法法64条の9②）を合併法人とする合併又は残余財産の確定によりその親法人による完全支配関係を有しなくなるものを除く。６項において「初年度離脱加入子法人」といいます。
規定の考え方
その最初通算事業年度開始日関係発生日以後2月以内に通算制度の取りやめ等（法法64条の10⑥5号又は6号）に掲げる事実が生ずることによりその完全支配関係を有しなくなるものに限るものとします。
５号は、通算子法人の解散（合併又は破産手続開始決定による解散に限ります。）。６号は、通算子法人が通算親法人との間にその通算親法人による通算完全支配関係を有しなくなったこと。
ここで「完全支配関係を有しなくなるもの」が
その最初通算事業年度開始日関係発生日以後２月以内限定されます。
限定されたものから、「その親法人若しくはその親法人との間に完全支配関係がある子法人等を合併法人とする合併又は残余財産の確定によりその親法人による完全支配関係を有しなくなるもの」を除きます。
参考規定、初年度離脱加入子法人の定義
六 親法人との間に完全支配関係を有することとなつた法第六十四条の九第二項に規定する他の内国法人で当該親法人による完全支配関係を有することとなつた日（法第十四条第八項（第一号に係る部分に限る。）（事業年度の特例）の規定の適用を受ける場合には、同項に規定する加入日の前日の属する同号に規定する特例決算期間の末日の翌日。以下この号において「関係発生日」という。）の属する当該親法人の事業年度終了の日までに当該完全支配関係を有しなくなるもの（当該関係発生日以後二月以内に法第六十四条の十第六項第五号又は第六号（通算制度の取りやめ等）に掲げる事実が生ずることにより当該完全支配関係を有しなくなるものに限るものとし、当該親法人若しくは当該親法人との間に完全支配関係がある法第六十四条の九第二項に規定する他の内国法人を合併法人とする合併又は残余財産の確定により当該親法人による完全支配関係を有しなくなるものを除く。第六項において「初年度離脱加入子法人」という。）の有する資産
法人税法施行令131条の16①、通算制度への加入に伴う資産の時価評価損益
時価評価法人（１項）と株式保有等法人（２項）
B子法人等がC子法人等株100％取得した場合、C子法人等とD子法人等が通算グループに加入します。その通算承認効力発生日において、その子法人等（C社とD社）の株式等を有する株式保有等法人（B社とC社）のその株式等の含み益又は含み損については、時価評価をします。
A親法人（B株式を100％保有）
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B子法人等（C株式を100％取得、時価評価しない法人、株式保有等法人）
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C子法人等
（D株式100％保有、通算グループ加入、時価評価する法人、株式保有等法人）
｜
D子法人等（通算グループ加入）
B子法人等もC子法人等も株式等保有法人に該当します。B子法人等は加入時価評価をしない法人ですので２項で株式等（C株）のみ時価評価、C子法人等は加入時価評価をする法人ですので１項で対象資産を時価評価するのでしょう。
参考規定
株式等保有法人の株式等の時価評価
２ 前項に規定する他の内国法人（通算親法人との間に当該通算親法人による完全支配関係が継続することが見込まれている場合として政令で定める場合に該当するもの及び第六十四条の五（損益通算）の規定の適用を受けない法人として政令で定める法人を除く。）について通算承認の効力が生じた日において当該他の内国法人の株式又は出資を有する内国法人（以下この項において「株式等保有法人」という。）の当該株式又は出資（同日の前日の属する当該株式等保有法人の事業年度において前項の規定の適用がある場合には、同項に規定する時価評価資産に該当するものを除く。）の評価益の額（その時の価額がその時の帳簿価額を超える場合のその超える部分の金額をいう。）又は評価損の額（その時の帳簿価額がその時の価額を超える場合のその超える部分の金額をいう。）は、当該前日の属する当該株式等保有法人の事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する。
法人税法64条の12、通算制度への加入に伴う資産の時価評価損益
通算制度の取りやめ等
６ 次の各号に掲げる事実が生じた場合には、通算法人（第一号から第四号までにあつてはこれらの号に規定する通算親法人及び他の通算法人の全てとし、第五号及び第六号にあつてはこれらの号に規定する通算子法人とし、第七号にあつては同号に規定する通算親法人とする。）については、通算承認は、当該各号に定める日から、その効力を失うものとする。
法人税法64条の10、通算制度の取りやめ等
五 通算子法人の解散（合併又は破産手続開始の決定による解散に限る。）又は残余財産の確定 その解散の日の翌日（合併による解散の場合には、その合併の日）又はその残余財産の確定の日の翌日
六 通算子法人が通算親法人との間に当該通算親法人による通算完全支配関係を有しなくなつたこと（前各号に掲げる事実に基因するものを除く。） その有しなくなつた日