今回は、自宅等を売却したときの損失に関する所得税の特例のうち、修正申告書と更正に対する国税通則法の取り扱いを確認してみましょう。
国税通則法との関係
今回確認する規定は、こちらです。
１６ 第十三項又は第十四項の規定による修正申告書及び前項の更正に対する国税通則法の規定の適用については、次に定めるところによる。
租税特別措置法第41条の5第16項、令和8年1月1日施行
一 当該修正申告書で第十三項又は第十四項に規定する提出期限内に提出されたものについては、国税通則法第二十条の規定を適用する場合を除き、これを同法第十七条第二項に規定する期限内申告書とみなす。
二 当該修正申告書で第十三項又は第十四項に規定する提出期限後に提出されたもの及び当該更正については、国税通則法第二章から第七章までの規定中「法定申告期限」とあり、及び「法定納期限」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項に規定する修正申告書の提出期限」と、同法第六十一条第一項第一号中「期限内申告書」とあるのは「租税特別措置法第二条第一項第十号に規定する確定申告書」と、同条第二項中「期限内申告書又は期限後申告書」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項の規定による修正申告書」と、同法第六十五条第一項、第三項第二号及び第五項第二号中「期限内申告書」とあるのは「租税特別措置法第二条第一項第十号に規定する確定申告書」とする。
三 国税通則法第六十一条第一項第二号及び第六十六条の規定は、前号に規定する修正申告書及び更正には、適用しない。
1、第13項、損益通算の要件を満たさない場合の修正申告書
2、第14項、繰越控除の要件を満たさない場合の修正申告書
3、前項（第15項）、修正申告しない場合の更正
の3つに対する国税通則法の取り扱いが規定されています。
読み替える規定は3つありますが、長くなるため、
第1号と第2号の1つを確認してみましょう。
提出期限内の修正申告
第1号は、提出期限内の修正申告です。
一 当該修正申告書で第十三項又は第十四項に規定する提出期限内に提出されたものについては、国税通則法第二十条の規定を適用する場合を除き、これを同法第十七条第二項に規定する期限内申告書とみなす。第13項や第14項の修正申告書で第13項や第14項に規定する
修正申告書の提出期限内に提出されたものについては、
修正申告書を同法（国税通則法）第17条第2項に規定する
「期限内申告書」として取り扱われます。
例外として、国税通則法第20条の規定（修正申告の効力）を適用する場合は、除外されるため、期限内申告書として取り扱われません。
1、期限内申告 → 期限内申告書
2、通常の修正申告 → 修正申告書 → 期限内申告書×
3、第13項や第14項の修正申告 → 期限内申告書として取り扱われる。
参考規定
（修正申告の効力）
国税通則法第20条、令和7年10月1日施行
第二十条 修正申告書で既に確定した納付すべき税額を増加させるものの提出は、既に確定した納付すべき税額に係る部分の国税についての納税義務に影響を及ぼさない。
提出期限の修正申告と更正
第2号は、提出期限後の修正申告と更正です。
二 当該修正申告書で第十三項又は第十四項に規定する提出期限後に提出されたもの及び当該更正については、国税通則法第二章から第七章までの規定中「法定申告期限」とあり、及び「法定納期限」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項に規定する修正申告書の提出期限」と、
同法第六十一条第一項第一号中「期限内申告書」とあるのは「租税特別措置法第二条第一項第十号に規定する確定申告書」と、
同条第二項中「期限内申告書又は期限後申告書」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項の規定による修正申告書」と、
同法第六十五条第一項、第三項第二号及び第五項第二号中「期限内申告書」とあるのは「租税特別措置法第二条第一項第十号に規定する確定申告書」とする。改行しています。
全て読み替えるのは難しいため、読み替え後の規定の確認は、省略します。
今回は、タイトルなどを確認してみましょう。
第二章 国税の納付義務の確定
第三章 国税の納付及び徴収
第四章 納税の猶予及び担保
第五章 国税の還付及び還付加算金（第五十六条―第五十九条）
第六章 附帯税
第七章 国税の更正、決定、徴収、還付等の期間制限
の「法定申告期限」と「法定納期限」の2つを「租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項に規定する修正申告書の提出期限」と読み替える必要があります。
原則として法定申告期限と法定納期限は、翌年3月15日です。これが修正申告書の提出期限と納付期限に変わります。
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