自宅等を売却したときの損失に関する所得税の特例_修正申告書と更正に対する国税通則法の取り扱い_減額更正の後に修正申告書の提出等がある場合

今回は、自宅等を売却したときの損失に関する所得税の特例のうち、修正申告書と更正に対する国税通則法の取り扱いを確認してみましょう。

1 国税通則法との関係
2 減額更正の後に修正申告書の提出などがある場合
3 第1号の取り扱い

国税通則法との関係

今回確認する規定は、こちらです。

１６　第十三項又は第十四項の規定による修正申告書及び前項の更正に対する国税通則法の規定の適用については、次に定めるところによる。
一　当該修正申告書で第十三項又は第十四項に規定する提出期限内に提出されたものについては、国税通則法第二十条の規定を適用する場合を除き、これを同法第十七条第二項に規定する期限内申告書とみなす。
二　当該修正申告書で第十三項又は第十四項に規定する提出期限後に提出されたもの及び当該更正については、国税通則法第二章から第七章までの規定中「法定申告期限」とあり、及び「法定納期限」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項に規定する修正申告書の提出期限」と、
同法第六十一条第一項第一号中「期限内申告書」とあるのは「租税特別措置法第二条第一項第十号に規定する確定申告書」と、
同条第二項中「期限内申告書又は期限後申告書」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項の規定による修正申告書」と、
同法第六十五条第一項、第三項第二号及び第五項第二号中「期限内申告書」とあるのは「租税特別措置法第二条第一項第十号に規定する確定申告書」とする。
三　国税通則法第六十一条第一項第二号及び第六十六条の規定は、前号に規定する修正申告書及び更正には、適用しない。
租税特別措置法第41条の5第16項、令和8年1月1日施行

1、第13項、損益通算の要件を満たさない場合の修正申告書
2、第14項、繰越控除の要件を満たさない場合の修正申告書
3、前項（第15項）、修正申告しない場合の更正
の3つに対する国税通則法の取り扱いが規定されています。

読み替える規定は3つありますが、長くなるため、
第2号の3つ目の読み替え規定を確認してみましょう。

減額更正の後に修正申告書の提出などがある場合

読替規定は、こちらです。

同条第二項中「期限内申告書又は期限後申告書」とあるのは「租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項の規定による修正申告書」と、

同法は国税通則法、第61条は延滞税の計算の特例です。
第2項は、減額更正の後に修正申告や増額が更正があった場合です。

読み替えてみましょう。

２　修正申告書の提出又は納付すべき税額を増加させる更正（これに類するものとして政令で定める更正を含む。以下この項において「増額更正」という。）があつた場合において、

その申告又は増額更正に係る国税について期限内申告書又は期限後申告書租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項の規定による修正申告書が提出されており、かつ、当該期限内申告書又は期限後申告書租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項の規定による修正申告書の提出により納付すべき税額を減少させる更正（これに類するものとして政令で定める更正を含む。以下この項において「減額更正」という。）があつた後に当該修正申告書の提出又は増額更正があつたときは、

当該修正申告書の提出又は増額更正により納付すべき国税（当該期限内申告書又は期限後申告書租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項の規定による修正申告書に係る税額（還付金の額に相当する税額を含む。）に達するまでの部分として政令で定める国税に限る。以下この項において同じ。）については、前項の規定にかかわらず、前条第二項に規定する期間から次に掲げる期間（特定修正申告書の提出又は特定更正により納付すべき国税その他の政令で定める国税にあつては、第一号に掲げる期間に限る。）を控除して、同項の規定を適用する。

一　当該期限内申告書又は期限後申告書租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項の規定による修正申告書の提出により納付すべき税額の納付があつた日（その日が当該国税の法定納期限租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項に規定する修正申告書の提出期限前である場合には、当該法定納期限租税特別措置法第四十一条の五第十三項又は第十四項に規定する修正申告書の提出期限）の翌日から当該減額更正に係る更正通知書が発せられた日までの期間

二　当該減額更正に係る更正通知書が発せられた日（当該減額更正が更正の請求に基づく更正である場合には、同日の翌日から起算して一年を経過する日）の翌日から当該修正申告書が提出され、又は当該増額更正に係る更正通知書が発せられた日までの期間