内容

例えば、1年分をまとめて記帳代行を行う場合、
仕訳帳などの帳簿について、電子保存することが認められるでしょうか？

答え
データを「定期的に」出力することができないため、認められません。

電子帳簿保存法一問一答、問20には、

このことは、国税関係帳簿に係る電磁的記録の作成を他の者に委託している場合でも同じであり、保存義務者は、定期的にその電磁的記録の還元を受けることにより、備付期間においても、保存場所に備え付けているディスプレイの画面及び書面に出力することができるようにしておかなければならないこととなります。この場合の「定期的」とは、通常の入出力(業務処理)サイクルのことであり、一課税期間分を一括して処理するような場合は、そもそも備付期間においてディスプレイ等に出力することができないことから、これに該当しません。
したがって、課税期間中に記帳せず当該期間終了後にまとめて記帳することを委託する方法は認められないことになります。

電子帳簿保存法一問一答、問20

とあり、「定期的」＝「通常の入出力サイクル」と解説されていますが、
定期的要件はないような。

スキャナ保存などには、「速やか」要件があり、最長で２か月+おおむね７営業日の猶予が認められていますが、帳簿については、スキャナ保存のような具体的な日や期間に関する規定がありません。

「速やかに」出力（２号要件）は、税務調査などで過年度の紙の帳簿を提示するのと同じ程度の「速やかに」だと思ってしまいます。記帳代行で電子保存するケースは稀でしょう。

参考規定

電子帳簿保存法一問一答、問20
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/sonota/jirei/pdf/0022006-083_04.pdf

（国税関係帳簿書類の電磁的記録による保存等）
第四条　保存義務者は、国税関係帳簿（財務省令で定めるものを除く。以下この項、次条第一項及び第三項並びに第八条第一項及び第四項において同じ。）の全部又は一部について、自己が最初の記録段階から一貫して電子計算機を使用して作成する場合には、財務省令で定めるところにより、当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存をもって当該国税関係帳簿の備付け及び保存に代えることができる。

電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律

（国税関係帳簿書類の電磁的記録による保存等）
第二条　２　法第四条第一項の規定により国税関係帳簿（同項に規定する国税関係帳簿をいう。第六項第四号を除き、以下同じ。）に係る電磁的記録の備付け及び保存をもって当該国税関係帳簿の備付け及び保存に代えようとする保存義務者は、次に掲げる要件（当該保存義務者が第五条第五項第一号に定める要件に従って当該電磁的記録の備付け及び保存を行っている場合には、第三号に掲げる要件を除く。）に従って当該電磁的記録の備付け及び保存をしなければならない。

一　当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存に併せて、次に掲げる書類（当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理に当該保存義務者が開発したプログラム（電子計算機に対する指令であって、一の結果を得ることができるように組み合わされたものをいう。以下この項及び第六項第五号において同じ。）以外のプログラムを使用する場合にはイ及びロに掲げる書類を除くものとし、当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理を他の者（当該電子計算機処理に当該保存義務者が開発したプログラムを使用する者を除く。）に委託している場合にはハに掲げる書類を除くものとする。）の備付けを行うこと。
イ　当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理システム（電子計算機処理に関するシステムをいう。以下同じ。）の概要を記載した書類
ロ　当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理システムの開発に際して作成した書類
ハ　当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理システムの操作説明書
ニ　当該国税関係帳簿に係る電子計算機処理並びに当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存に関する事務手続を明らかにした書類（当該電子計算機処理を他の者に委託している場合には、その委託に係る契約書並びに当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存に関する事務手続を明らかにした書類）

二　当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の備付け及び保存をする場所に当該電磁的記録の電子計算機処理の用に供することができる電子計算機、プログラム、ディスプレイ及びプリンタ並びにこれらの操作説明書を備え付け、当該電磁的記録をディスプレイの画面及び書面に、整然とした形式及び明瞭な状態で、速やかに出力することができるようにしておくこと。

三　国税に関する法律の規定による当該国税関係帳簿に係る電磁的記録の提示又は提出の要求に応じることができるようにしておくこと。

電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則